Ya es más que obvio que es hombre, pero aquí trataré de aclarar sus dudas sobre este personaje.
-El hermoso y fabuloso Mettaton.
Muchas personas aseguran que Mettaton es mujer por los siguientes motivos (iré desmintiendo cada uno de ellos conforme los vaya mencionando).
1-El color rosa.

El rosado no tiene que ser obligatoriamente un color femenino. Es un simple color, nada más (lo sé, esto suena demasiado simple, pero ni modo, no es que sea un argumento tan complejo el decir que es mujer solo por el color rosa).
2-Hapstablook.
Este argumento se basa solo en los fan-arts que se han hecho de Hapstablook. El diseño oficial de Hapstablook es desconocido, pues el diseño que generalmente se asocia a Happstablook, son solo dibujos que representan el cómo los fans creen que se veía Hapstablook. Se sabe que Napstablook y Mettaton son primos, pero jamás se afirmó que cuando era fantasma era mujer. De hecho, en el juego los fantasmas no muestran tener género hasta que estos tienen un cuerpo. Napstablook tampoco tiene género, pues cuando miramos los diarios de Mettaton, este se le refiere como "they", el cual esa es la forma en la que se refieren a los personajes neutrales (sin género o sexo definidos) en el juego.
3-Su vestimenta/apariencia en su forma EX.
Para muchas personas, Mettaton es mujer debido a la vestimenta que él lleva, y su apariencia cuando es Mettaton EX. En una parte del juego vemos que lleva un vestido, y en su forma EX vemos un cuerpo que mucha gente suele asociar al cuerpo de una mujer, sin contar que es posible ver su alma, la cual se representa en forma de corazón.
Si vamos a tomar en cuenta el que utiliza un vestido en una obra durante el juego, también deberíamos tomar en cuenta que en una parte se viste de traje y corbata, en el noticiero.
Y sobre Mettaton EX, tiene más la apariencia de un hombre hermoso más que una mujer (el ser "guapo y hermoso" es un estereotipo de los famosos), algo así como el estúpido y sensual Calamardo.
No he visto más argumentos que nos digan que Mettaton es mujer más que esos, así que pasaré a la prueba definitiva que Mettaton es un hombre extremadamente fabuloso:
Diálogos que se refieren a Mettaton como un hombre.
Así es amigos, el juego nos confirma muchas veces que Mettaton es hombre, mediante los diálogos y demás textos refiriéndose a Mettaton a lo largo del juego.
En esos tres díalogos, Burgerpants se refiere a
Mettaton, y creo que es obvio, pues lo dice
si le pides que hable de él.
"His" viene de "him", el cual es un pronombre
masculino.
Lo mismo aquí.
Lo que ocurrió aquí, es que Mettaton les
pide que se besen, a lo que ocurren ambos
diálogos, donde claramente se refieren a
Mettaton como un chico (incluyendo a Alphys,
quien construyó a Mettaton).
Espero que esto les muestre perfectamente que Mettaton es un chico, y no una chica o un personaje que no tiene género, como muchos afirman (esto debido a que confunden el género con el sexo. Mettaton no puede tener sexo, ya que es un robot obviamente, pero género sí puede tener, que como vemos, es masculino).